2017년 6월 2일 금요일

ppc64le 상의 R에서 gputools package 설치시 error 및 그 해결 방법



ppc64le (POWER8) 아키텍처 기반의 Linux에서 R을 사용하시면서 거기에 추가로 gputools package를 설치하시려고 하면 아래와 같은 error가 발생할 수 있습니다.

> install.packages("gputools")
(중략...)
rpath flag style... gnu
checking build system type...
tools/config.guess: unable to guess system type This script, last modified 2009-06-03, has failed to recognize the operating system you are using.
installation of package ‘gputools’ had non-zero exit status


이 error는 ./configure를 돌릴 때 흔히 나올 수 있는 error인데, 별 것은 아니고 그냥 build type을 ppc64le로 지정만 해주시면 됩니다.   제가 해보니 그것 외에도 R.h의 header file을 못 찾는다는 error도 있네요.  그것들은 모두 R CMD INSTALL 하실 때 아래와 같이 configure-args를 붙여주시면 간단히 해결됩니다.

u0017496@sys-87481:~$ sudo R
> install.packages("gputools", configure.args=c(gputools="--build=ppc64le --with-nvcc=/usr/local/cuda/bin/nvcc --with-r-include=/usr/share/R/include"))

(중략...)
/usr/local/cuda/bin/nvcc -shared    -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl -lm -lcublas -lnvrtc -lcuda  rinterface.o mi.o sort.o granger.o qrdecomp.o correlation.o hcluster.o distance.o matmult.o lsfit.o kendall.o cuseful.o -o gputools.so
nvcc warning : The 'compute_20', 'sm_20', and 'sm_21' architectures are deprecated, and may be removed in a future release (Use -Wno-deprecated-gpu-targets to suppress warning).
installing to /usr/local/lib/R/site-library/gputools/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (gputools)

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmpXucwqB/downloaded_packages’
>

다음과 같이 gputools가 제대로 설치된 것을 확인하실 수 있습니다.

u0017496@sys-87481:~$ ls -l /usr/local/lib/R/site-library/gputools/libs
total 1420
-rwxrwxr-x 1 root staff 1450448 Jun  1 22:44 gputools.so

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