Redhat 7.5 ppc64le에서 CRAN-R을 source로부터 설치하기

전에 Ubuntu 16.04 ppc64le에서 CRAN-R을 설치하는 과정을 올린 바 있습니다만, 이번에는 Redhat의 경우입니다.   대부분의 과정은 비슷합니다.

먼저, Redhat EPEL에 포함된 R은 3.5 버전입니다.  이걸 쓰셔도 된다면 그냥 이걸 설치하시는 것이 편합니다. 

[root@ING ~]# yum list | grep R-core
R-core.ppc64le                      3.5.0-1.el7         epel
R-core-devel.ppc64le                3.5.0-1.el7         epel

그러나 특정 버전, 가령 3.4.1을 설치하시려면 다음과 같이 CRAN에서 source를 받아다 설치하시면 됩니다.   먼저 기존에 설치된 R 3.5 버전을 다음과 같이 삭제합니다.

[root@ING ~]# yum erase R R-core R-core-devel R-devel R-java R-java-devel libticonv-devel

이어서 기본적으로 필요한 OS package들을 설치합니다.

[root@ING test]# yum install readline-devel readline-static libX11-devel libX11-common libXt-devel libXt bzip2 bzip2-libs bzip2-devel lzma-sdk-devel lzma-sdk457-devel pcre2-devel pcre3-devel gcc-gfortran libgfortran libcurl-devel curl texlive-latex texlive-latex-fonts texlive-txfonts texlive-pxfonts texlive-fontaxes java-1.8.0-openjdk java-1.8.0-openjdk-devel java-1.8.0-openjdk-headless

이제 source를 download 받습니다.

[root@ING test]# wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.1.tar.gz

[root@ING test]# tar -zxf R-3.4.1.tar.gz

[root@ING test]# cd R-3.4.1

Build 순서는 똑같습니다.  configure - make - make install 순입니다.

[root@ING R-3.4.1]# ./configure --enable-R-shlib

[root@ING R-3.4.1]# make -j 16

[root@ING R-3.4.1]# make install

이렇게 설치하면 기본적으로 /usr/local/lib64/R 밑에 설치됩니다.

[root@ING R]# pwd
/usr/local/lib64/R

[root@ING R]# ls
bin  COPYING  doc  etc  include  lib  library  modules  share  SVN-REVISION

그러나 별도로 PATH를 잡아주지 않아도 이미 /usr/local/bin에 R이 copy되어 있으므로 그냥 그대로 쓰시면 됩니다.

[root@ING ~]# which R
/usr/local/bin/R

[root@ING ~]# R

R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: powerpc64le-unknown-linux-gnu (64-bit)
...
Type 'q()' to quit R.

> install.packages("knitr")

> install.packages("anim.plots")



*  저같은 경우 ./configure --enable-R-shlib 수행시 처음에는 아래와 같은 error가 발생했습니다.

configure: error: libcurl >= 7.22.0 library and headers are required with support for https

그러나 실제로 보면 아래처럼 libcurl은 이미 7.29 버전이 설치되어 있습니다.

[root@ING R-3.4.1]# yum list | grep libcurl
libcurl.ppc64le                     7.29.0-46.el7       @anaconda/7.5
libcurl-devel.ppc64le               7.29.0-46.el7       @rhel-7-for-power-9-rpms

이 error의 원인은 다음과 같이 config.log를 뒤져보면 알 수 있습니다.  즉, 환경 설정에서 PATH 변수 맨 앞에 anaconda2가 오도록 되어 있었는데, anaconda2 속에 설치된 libcurl의 버전이 낮은 것이 원인이었습니다.

[root@ING R-3.4.1]# env | grep PATH

PATH=/opt/anaconda2/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin:/opt/DL/tensorflow/bin:/opt/DL/protobuf/bin:/opt/DL/caffe-bvlc/bin

[root@ING R-3.4.1]# grep libcurl config.log

configure:40993: checking if libcurl is version 7 and >= 7.22.0

/usr/bin/ld: warning: libssl.so.1.0.0, needed by /opt/anaconda2/lib/libcurl.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)

/usr/bin/ld: warning: libcrypto.so.1.0.0, needed by /opt/anaconda2/lib/libcurl.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)

/opt/anaconda2/lib/libcurl.so: undefined reference to `SSL_CTX_set_srp_username'

/opt/anaconda2/lib/libcurl.so: undefined reference to `libssh2_scp_recv2'

/opt/anaconda2/lib/libcurl.so: undefined reference to `SSL_CTX_set_srp_password'

configure:41089: error: libcurl >= 7.22.0 library and headers are required with support for https

이는 간단히 PATH 환경 변수에서 anaconda2를 제거한 뒤 configure를 수행하면 간단히 핵결됩니다.

그렇게 해도 문제가 되는 수가 있는데, 그럴 경우엔 아예 다음과 같이 어느 directory에서 libcurl.so를 찾으라고 명시적으로 지정하면 확실히 해결이 됩니다.

[bsyu@p57a22 R-3.4.1]$ ./configure --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/usr/lib64 -lcurl"